По данным пресс-службы республиканской прокуратуры, 2 мая постановлением следственного отдела УФСБ России по республике Алтай в отношении Сватова было возбуждено уголовное дело по ч. 1 ст. 282.2 УК РФ (организация деятельности общественного или религиозного объединения либо иной организации, в отношении которых судом принято вступившее в законную силу решение о ликвидации или запрете деятельности в связи с осуществлением экстремистской деятельности). Несогласный с этим имам направил в приемную президента РФ в республике жалобу на "неправомерные действия сотрудников Управления Федеральной служба безопасности России". Изучив все материалы, прокуратура не нашла оснований для отмены постановления о возбуждении уголовного дела. Кроме того, в своем обращении Сержан Сватов указывал на нарушения, допущенные сотрудниками в ходе следственных действий, однако и эти доводы в ходе проверки своего подтверждения не нашли.
Сержана Сватова и ташантинского имама Хайдар-Али Бугусынова подозревают в организации деятельности на территории Кош-Агачского района международного религиозного объединения "Таблиги Джамаат", которое признано экстремистским. Как полагает следствие, Сватов проповедовал версию ислама, "почти неотличимую от идеологии джихадистов ваххабитского-салафитского толка".
Прокуратура республики Алтай взяла расследование уголовного дела в отношении Сержана Сватова на особый контроль.